Иммунная система у здоровых людей работает как бдительный отряд самообороны, всегда в поисках чуждых организмов, таких как вирусы и бактерии, которые угрожают здоровью. Иммунная система, приступая к работе после вторжения, создает вещества, называемые антителами, которые атакуют захватчиков, или антигены. Белые кровяные клетки неустанно работают, уничтожая захватчиков и добиваясь исцеления.

У людей, которые имеют аутоиммунное заболевание, эти белые кровяные тельца таинственно мобилизуются, без всякой видимой причины, и организм ошибочно трактует нормальную здоровую ткань, как нечто чуждое. Против предполагаемого захватчика организм начинает производить антитела.

Антитела, вырабатываемые при аутоиммунном заболевании, известны как аутоантитела. У людей с Хашимото, наиболее распространены антитела к тиреоидной пероксидазе (Ат-ТПО, TPOAb). Эти же антитела, вызывают болезнь Грейвса.

Аутоиммунная атака может возникнуть в различных системах и органах, вызывая свое собственное заболевание и совокупность симптомов. Антитела, которые атакуют соединительную ткань, вызывают системную красную волчанку. Те, которые наносят вред суставам, вызывают ревматоидный артрит. Те, которые атакуют ткани щитовидной железы, приводят к тиреоидиту Хашимото, названному в честь японского хирурга, выявившего первым это заболевание в 1912 году.